源资科技 的文章

Amber

[案例分享]Amber案例七:将显性水作为蛋白部分提高MM/...

利用tleap对这些体系进行处理,蛋白使用AMBER99力场,所有的小分子使用GAFF力场,且使用AM1-BCC电荷.保留晶体结构中的所有水分子,然后使用TIP3P水盒子对体系进行溶剂化.将体系优化升温后,保持在300K模拟250ps,每1 ps保留一个构象.所有的模拟使用AMBER10进行.对...